W odróżnieniu od powszechnie znanego kuzyna, jest ptakiem dużo rzadziej spotykanym i unikającym towarzystwa człowieka. Jest nieznacznie mniejszy od swego krewniaka i osiąga maksymalnie 100 cm długości ciała oraz 190 cm rozpiętości skrzydeł. Ubarwienie tego gatunku jest negatywem bociana białego. Aczkolwiek śmiało można stwierdzić, iż czerń jest tylko w jego nazwie. W słońcu u dorosłego osobnika czarne pióra szyi, piersi, grzbietu i pokryw skrzydłowych lśnią i mienią się metalicznymi kolorami. Przeważają barwy: zielona, fioletowa i purpurowa. Pióra na brzuchu i piersi oraz pokrywy podogonowe są białe. Dorosłe ptaki mają czerwone nogi, dziób i skórę wokół oczu – u ptaków młodocianych, w wieku 3–7 tygodni, te części są zielonoszare i bladoróżowe.
Głos bociana czarnego słyszy się rzadko, a to ze względu na dyskretne zwyczaje lęgowe i skryte zachowanie.
Przy powitaniu ptaki wydają głośne i zgrzytliwe, powtarzane „szi-luszi-luszi-lu…”.
Klekoce cicho i rzadko. Młode, zwłaszcza podczas karmienia, odzywają się głośno i hałaśliwie.
Bez wątpienia jest jednym z naszych najpiękniejszych ptaków. Jego widok zapiera dech w piersiach.
Na pokarm bociana czarnego składają się głównie płazy i drobne ryby. Uzupełnienie diety stanowią owady, pierścienice, drobne ssaki oraz pisklęta innych ptaków. Poluje brodząc w niezbyt głębokich wodach rzek i strumieni. Jeśli słońce zbyt mocno oświetla wodę i utrudnia wypatrzenie ofiary, bociany czarne polują z rozpostartymi skrzydłami, które zapewniają cień i lepszą widoczność.
Najłatwiej go spotkać i dostrzec podczas wędrówek, gdy szybuje wysoko, czasem w niewielkiej grupie albo wspólnie z bocianami białymi.
Jest ptakiem wędrownym, spędzającym okres zimy w Afryce (m.in. Libanie, Sudanie i Etiopii). Migrację jesienną podejmuje od sierpnia do września, natomiast z zimowisk powraca w marcu i kwietniu.
Na stronie http://mapa.bocianimy.pl/ można śledzić trasę przelotu bocianów z nadajnikami GPS, w tym jednego z Puszczy Białowieskiej (dokładniej z Nadl. Hajnówka).
W Nadleśnictwie Browsk ostatnie młode bociany wyleciały z gniazd dosłownie kilka dni temu. Niestety jest to dosyć późny termin patrząc na inne bociany z regionu. W tym roku wyjątkowo niekorzystne miały warunki lęgu - susza i wichury. Dodatkowym zagrożeniem podczas lęgów są kuny, jastrzębie i kruki, atakują one jaja i młode ptaki. Śmiertelność wśród młodych ptaków jest bardzo wysoka i sięga powyżej 50%.
Nie jest to ptak bardzo towarzyski, nie skupia się w duże stada jak bocian biały. To ptak leśny. Gniazdo zakłada w głębi drzewostanu. Na nizinach typowym dla niego środowiskiem są rozległe, wilgotne lasy w pobliżu bagien lub zbiorników wodnych. Najchętniej jednak wybiera podmokłe lasy olszowe. W przypadku braku optymalnych środowisk gnieździ się w grądach i innych lasach liściastych, a nawet w borach.
Mimo, że zasięg geograficzny bociana czarnego jest znacznie większy niż bociana białego, jego liczebność jest kilkadziesiąt razy mniejsza.