Jest ona wypełnieniem zobowiązań UE wynikających z Konwencji o różnorodności biologicznej (Konwencja z Rio de Janeiro, 1992). Jej celem jest zachowanie zarówno zagrożonych wyginięciem siedlisk przyrodniczych oraz gatunków roślin i zwierząt w skali Europy, a także typowych, wciąż jeszcze powszechnie występujących siedlisk przyrodniczych, charakterystycznych dla regionów biogeograficznych. Podstawę prawną sieci stanowią dwa akty prawne: tzw. Dyrektywa Ptasia o ochronie dzikich ptaków oraz Dyrektywa Siedliskowa w sprawie ochrony siedlisk przyrodniczych oraz dzikiej fauny i flory.

Na terenie Regionalnej Dyrekcji Lasów Państwowych w Białymstoku zostało wyznaczonych:

20 Obszarów Specjalnej Ochrony Ptaków Natura 2000 o powierzchni 357 863 tys. ha (na terenie Lasów Państwowych), na podstawie tzw. Dyrektywy Ptasiej:

1. Puszcza Augustowska PLB200002
2. Ostoja Biebrzańska PLB200009
3. Puszcza Białowieska PLC200004
4. Dolina Górnego Nurca PLB200004
5. Dolina Górnej Narwi PLB200007
6. Jezioro Oświn i okolice PLB280004
7. Puszcza Borecka PLB280006
8. Lasy Skaliskie PLB280011
9. Ostoja Warmińska PLB280015
10. Puszcza Knyszyńska PLB200003
11. Bagienna Dolina Narwi PLB200001
12. Puszcza Piska PLB280008
13. Ostoja Poligon Orzysz PLB280014
14. Bagna Nietlickie PLB280001
15. Jezioro Dobskie PLB280012
16. Dolina Dolnego Bugu PLB140001
17. Dolina Dolnej Narwi PLB140014
18. Przełomowa Dolina Narwi PLC200003
19. Jezioro Łuknajno PLB280003
20. Bagno Wizna PLB200005

34 Specjalne Obszary Ochrony Siedlisk Natura 2000 ważnych dla Wspólnoty Europejskiej o powierzchni 299 365 tys. ha (na terenie Lasów Państwowych), na podstawie tzw. Dyrektywy Siedliskowej,

1. Czerwony Bór, PLH200018

2. Dolina Biebrzy, PLH200008

3. Dolina Górnej Rospudy, PLH200022

4. Dolina Pisy, PLH200023

5. Dolina Szeszupy, PLH200016

6. Jeleniewo, PLH200001

7. Jelonka, PLH200019

8. Jezioro Woszczelskie, PLH280034

9. Mamerki, PLH280004

10. Mazurska Ostoja Żółwia Baranowo, PLH280055

11. Mazurskie Bagna, PLH280054

12. Mokradła Kolneńskie i Kurpiowskie, PLH200020

13. Murawy w Haćkach, PLH200015

14. Narwiańskie Bagna, PLH200002

15. Niecka Skaliska, PLH280049

16. Puszcza Augustowska, PLH200005

17. Ostoja Borecka, PLH280016

18. Ostoja Knyszyńska, PLH200006

19. Ostoja nad Oświnem, PLH280044

20. Ostoja Nadbużańska, PLH140011

21. Ostoja Piska, PLH280048

22. Ostoja Północnomazurska, PLH280045

23. Ostoja Suwalska, PLH200003

24. Ostoja w Dolinie Górnego Nurca, PLH200021

25. Ostoja w Dolinie Górnej Narwi, PLH200010

26. Ostoja Wigierska, PLH200004

27. Pojezierze Sejneńskie, PLH200007

28. Przełomowa Dolina Narwi, PLH200003

29. Puszcza Białowieska, PLC200004

30. Puszcza Romincka, PLH280005

31. Schrony Brzeskiego Rejonu Umocnionego, PLH200014

32. Torfowiska Gór Sudawskich, PLH200017

33. Torfowisko Zocie, PLH280037

34. Murawy na Poligonie Orzysz PLH280056

Na terenie zarządzanym przez Państwowe Gospodarstwo Leśne Lasy Państwowe znajdującym się na obszarze Natura 2000 zadania w zakresie ochrony przyrody wykonuje samodzielnie miejscowy nadleśniczy, zgodnie z ustaleniami planu zadań ochronnych lub planu ochrony obszaru Natura 2000 uwzględnionym w planie urządzenia lasu.

Powierzchnia poszczególnych obszarów Natura 2000 jest bardzo zróżnicowana, od rozległych, obejmujących ponad 100 tysięcy hektarów, po kilkuhektarowe. Każde nadleśnictwo w granicach RDLP w Białymstoku ma na swoim terenie formę ochrony przyrody, jaką jest Natura 2000. W przypadku części jednostek zajmuje ona blisko 100% powierzchni zarządzanych lasów
W przypadku RDLP w Białymstoku sieć obszarów Natura 2000 stanowi ponad 65% powierzchni gruntów zarządzanych przez białostockie nadleśnictwa (dane niepublikowane RDLP w Białymstoku). Liczba obszarów świadczy o dobrym zachowaniu siedlisk przyrodniczych i gatunków ważnych dla Unii Europejskiej. Obszary te objęły przede wszystkim kompleksy puszczańskie oraz doliny większych rzek. Należy zauważyć, iż większość obszarów Natura 2000 została wyznaczona już na istniejących wcześniej formach ochrony przyrody, takich jak: parki narodowe, parki krajobrazowe, obszary chronionego krajobrazu i inne.

Obecnie w Polsce sieć Natura 2000 zajmuje prawie 1/5 powierzchni lądowej Polski. W jej skład wchodzi 867 obszarów siedliskowych oraz 145 obszarów ptasich.
Informacje o poszczególnych obszarach Natura 2000 można wyszukać w Centralnym Rejestrze Form Ochrony Przyrody a granice tych obszarów w Geoserwisie GDOŚ.
 

Dla każdego obszaru indywidualnie określane są przedmioty ochrony na podstawie aktualnej najlepszej wiedzy naukowej. Każdy obszar ma opracowany Standardowy Formularz Danych (SDF), stanowiący podstawowy dokument opisujący dany obszar, jego walory oraz przedmioty ochrony, dla których został wyznaczony, czyli gatunki i siedliska przyrodnicze.

Zgodnie z obowiązującymi przepisami, każdy obszar Natura 2000, najpóźniej w ciągu 6 lat od jego powołania musi mieć opracowany dokument planistyczny dotyczący ochrony przedmiotów ochrony. W Polsce dokumentem takim jest Plan ochrony lub Plan zadań ochronnych. W praktyce w pierwszej kolejności tworzone są Plany zadań ochronnych, które wskazują ewentualną potrzebę wykonania planów ochrony.
Plan ochrony lub plan zadań ochronnych jest aktem prawa miejscowego, ustanawianym przez właściwego RDOŚ. Jest więc prawem nadrzędnym wobec innych dokumentów planistycznych, w tym nad planem urządzenia lasu (PUL). Ustalenia planów zadań ochronnych są transponowane do różnych obowiązujących dokumentów planistycznych pozostających w kompetencjach organów władzy publicznej: np. studiów uwarunkowań i kierunków zagospodarowania przestrzennego gmin, miejscowych planów zagospodarowania przestrzennego, planów zagospodarowania przestrzennego województw oraz planów urządzenia lasu.

Sposób zarządzania obszarami Natura 2000, a szczególnie chronionymi siedliskami i gatunkami ma swoje odzwierciedlenie w stanie ochrony poszczególnych przedmiotów ochrony. W dokumentach planistycznych określana jest ocena stanu ochrony poszczególnych gatunków i siedlisk będących przedmiotami ochrony. Dodatkowo, co 6 lat kraje członkowskie sporządzają specjalne sprawozdania dotyczące ochrony gatunków i siedlisk w obszarach Natura 2000. Są one opracowywane na podstawie monitoringu prowadzonego przez Główny Inspektorat Ochrony Środowiska. W związku z powyższym na leśnikach spoczywa bardzo duża odpowiedzialność za utrzymanie i ochronę poszczególnych gatunków i siedlisk przyrodniczych, dla których wyznaczono obszary Natura 2000.