Jest ona wypełnieniem zobowiązań UE wynikających z Konwencji o różnorodności biologicznej (Konwencja z Rio de Janeiro, 1992). Jej celem jest zachowanie zarówno zagrożonych wyginięciem siedlisk przyrodniczych oraz gatunków roślin i zwierząt w skali Europy, a także typowych, wciąż jeszcze powszechnie występujących siedlisk przyrodniczych, charakterystycznych dla regionów biogeograficznych. Podstawę prawną sieci stanowią dwa akty prawne: tzw. Dyrektywa Ptasia o ochronie dzikich ptaków oraz Dyrektywa Siedliskowa w sprawie ochrony siedlisk przyrodniczych oraz dzikiej fauny i flory.

Na terenie Regionalnej Dyrekcji Lasów państwowych w Białymstoku zostało wyznaczonych:

20 Obszarów Specjalnej Ochrony Ptaków Natura 2000 o powierzchni 356 084,31 ha (na terenie Lasów Państwowych), na podstawie tzw. Dyrektywy Ptasiej:

1. Puszcza Augustowska PLB200002
2. Ostoja Biebrzańska PLB200009
3. Puszcza Białowieska PLC200004
4. Dolina Górnego Nurca PLB200004
5. Dolina Górnej Narwi PLB200007
6. Jezioro Oświn i okolice PLB280004
7. Puszcza Borecka PLB280006
8. Lasy Skaliskie PLB280011
9. Ostoja Warmińska PLB280015
10. Puszcza Knyszyńska PLB200003
11. Bagienna Dolina Narwi PLB200001
12. Puszcza Piska PLB280008
13. Ostoja Poligon Orzysz PLB280014
14. Bagna Nietlickie PLB280001
15. Jezioro Dobskie PLB280012
16. Dolina Dolnego Bugu PLB140001
17. Dolina Dolnej Narwi PLB140014
18. Przełomowa Dolina Narwi PLC200003
19. Jezioro Łuknajno PLB280003
20. Bagno Wizna PLB200005

34 Specjalnych Obszarów Ochrony Siedlisk Natura 2000 ważnych dla Wspólnoty Europejskiej o powierzchni 313 689,72 ha (na terenie Lasów Państwowych), na podstawie tzw. Dyrektywy Siedliskowej,

1. Czerwony Bór, PLH200018

2. Dolina Biebrzy, PLH200008

3. Dolina Górnej Rospudy, PLH200022

4. Dolina Pisy, PLH200023

5. Dolina Szeszupy, PLH200016

6. Jeleniewo, PLH200001

7. Jelonka, PLH200019

8. Jezioro Woszczelskie, PLH280034

9. Mamerki, PLH280004

10. Mazurska Ostoja Żółwia Baranowo, PLH280055

11. Mazurskie Bagna, PLH280054

12. Mokradła Kolneńskie i Kurpiowskie, PLH200020

13. Murawy w Haćkach, PLH200015

14. Narwiańskie Bagna, PLH200002

15. Niecka Skaliska, PLH280049

16. Puszcza Augustowska, PLH200005

17. Ostoja Borecka, PLH280016

18. Ostoja Knyszyńska, PLH200006

19. Ostoja nad Oświnem, PLH280044

20. Ostoja Nadbużańska, PLH140011

21. Ostoja Piska, PLH280048

22. Ostoja Północnomazurska, PLH280045

23. Ostoja Suwalska, PLH200003

24. Ostoja w Dolinie Górnego Nurca, PLH200021

25. Ostoja w Dolinie Górnej Narwi, PLH200010

26. Ostoja Wigierska, PLH200004

27. Pojezierze Sejneńskie, PLH200007

28. Przełomowa Dolina Narwi, PLH200003

29. Puszcza Białowieska, PLC200004

30. Puszcza Romincka, PLH280005

31. Schrony Brzeskiego Rejonu Umocnionego, PLH200014

32. Torfowiska Gór Sudawskich, PLH200017

33. Torfowisko Zocie, PLH280037

34. Murawy na Poligonie Orzysz PLH280056

Na terenie zarządzanym przez Państwowe Gospodarstwo Leśne Lasy Państwowe znajdującym się na obszarze Natura 2000 zadania w zakresie ochrony przyrody wykonuje samodzielnie miejscowy nadleśniczy, zgodnie z ustaleniami planu zadań ochronnych lub planu ochrony obszaru Natura 2000 uwzględnionym w planie urządzenia lasu.